Cuando entramos por la puerta central, a mano izquierda encontramos en la primera columna, la Madonna del Pilastro (la Virgen del Pilar, que nada tiene que ver con la advocación aragonesa, sino porque está pintada al fresco, sobre una columna (pilar). Es el altar dedicado a la Inmaculada en la basílica. El altar mayor está presidido por una magnífica escultura en bronce de la Virgen con el Niño en el acto de levantarse del trono para ofrecer a la adoración de los fieles el Niño Jesús que bendice con su manita. La estatua se encuentra a los pies del Crucifijo monumental, que con las otras esculturas de los santos, se cuentan entre las obras maestras del gran escultor renacentista, Donatello (Florencia 1486-1366). El púlpito de la nave central es también presidido por un bellísimo fresco de la Virgen en trono con el Niño (s. XIV).
Probablemente la imagen de la Virgen que más llama la atención sea la Madonna Mora (Virgen morena) bellísima estatua en piedra policromada, del 1396. Esta capilla de la Virgen, que encuentran los peregrinos dante ellos, una vez venerada la tumba del Santo, es cuanto queda de la original iglesita conventual de Sancta Maria Mater Domini, donde fue sepultado san Antonio.
A la derecha se abre la hermosa capilla del Beato Lucas Belludi (compañero y secretario de san Antonio, padovano que vivió del 1206 al 1286 y fue el iniciador y director de la construcción de la basílica). El cuerpo del beato reposa bajo el altar en un arca de mármol que fue la primera arca sepulcral de san Antonio. La Capilla, dedicada realmente a los Apostoles, san Felipe y Santiago, está pintada al fresco en su totalidad por el florentino Justo de Menabuoi (1320-1321).
Al centro encontramos el mural votivo que representa la Virgen en trono con el Niño Jesús rodeada de santos franciscanos y ángeles.
Mirándola de frente a nuestra izquierda (derecha de la Virgen) podemos ver a san Francisco de Asís y san Luis de Tolosa (primer santo obispo de la Orden Franciscana) que presentan al noble a Naimerio, noble paduano y a nuestra derecha (izquierda de la Virgen) vemos a san Antonio y al beato Lucas que presentan a Manfredino, noble paduano que con Naimerio fueron los que erigieron dicha capilla en 1382.
La Virgen es de una delicada belleza sea en la expresión de su mirada que por los colores.
Tiene sobre su regazo el Niño Jesús que bendice. El Niño parece estar elevado, con tanta ligereza que apenas toca a la Madre y la Madre lo sostiene con tanto respeto y tierna delicadeza que parece que apenas lo toca.
La mirada de la Virgen va más allá, no sólo en la distancia, sino que el efecto de sus ojos parece decir que nos ve, no en cuanto seres materiales que llegan a su presencia, sino que penetra nuestro corazón y conoce ya cuáles son nuestras necesidades, dudas y proyectos aún antes de que lleguemos a ella.
