El Arzobispo de Granada escribió después: "Cuando don Juan de Rivera fue a Salamanca a estudiar yo era también estudiante allí pero en un curso superior y de mayor edad que él. Y pude constar que era un estudiante santo y que no se dejó contaminar con las malas costumbres de los malos estudiantes".
Con 30 años de edad, el Papa Pío IV lo nombró obispo de Badajoz, donde se dedicó a librar a los católicos de las malas enseñanzas de los protestantes. Con los jóvenes catequistas iba de barrio en barrio enseñando las verdades de la religión y previniendo a las gentes contra los errores que enseñan los enemigos de la religión católica. San Juan de Ávila escribió: "Estoy contento porque Monseñor Rivera está enviando catequistas y predicadores a defender al pueblo de los errores de los protestantes, y él mismo les costea generosamente todos los gastos".
El joven obispo confesaba en las iglesias como un humilde párroco, llevaba la comunión a los enfermos y atendía a cuantos hablaban con él. Los campesinos y obreros decían: "Vayamos a oír al santo apóstol".
Tras vender el mobiliario de su casa y la loza de su comedor, compró alimentos para repartirlos entre los pobres. El día en que partió de su diócesis de Badajoz para irse de obispo a otra ciudad, repartió entre los pobres todo el dinero, los regalos que le habían dado y el mobiliario que su familia le había regalado.
