La cuestión planteada desde el principio del conflicto (1075) era el averiguar quién era el verdadero jefe de la Iglesia, quién tenía derecho de ordenar a los obispos o arzobispos: ¿el papa o el rey? Mal aconsejado por los que le rodeaban, Enrique IV pensó que le sería fácil librarse de un pontífice molesto y que una nueva elección le permitiría estar de acuerdo con un partidario más complaciente. 

Había pasado la hora de la franca transgresión de las leyes de la Iglesia, de la simonía y de los escandalosos desarreglos: lucha sin tregua contra esta plaga.

Desde los tiempos apostólicos el celibato fue estimadísimo y tenido como gala y honor de la Iglesia. Se recomendaba a todos los sacerdotes, mas no se imponía.

La raíz de los desórdenes introducidos en la Iglesia había que buscarla en la investidura laica. En efecto, la primera consecuencia que de ahí se derivaba era la simonía.

Una de las figuras más nobles y valientes de esta segunda época medieval fue Gregorio VII. De él toma nombre la gran reforma eclesiástica, que, comenzada por sus antecesores con la ayuda eficaz de santos monjes y de insignes prelados, fue llevada a cabo por sus inmediatos sucesores. Por eso se habla de la “reforma gregoriana”.

Iniciamos la segunda parte de la Edad Media con la subidaal trono pontificio de Gregorio VII (1073). Ya Otón deFreissing (+1158) tenía conciencia de haber entrado en un nuevo periodo histórico, radiante y prometedor, muy distinto del “nebuloso” que acababa de pasar.

Partiendo del monasterio de Cluny, la reforma de los monasterios llegó a todas las naciones cristianas y a las altas esferas eclesiásticas.

Berno fue el primer abad de Cluny, fundado en 910. Su sucesor Odón (926-924) le dio el impulso de conquista y reforma universal. Introducida la observancia benedictina, empezaron a adherírsele otros monasterios. Los abades Mayolo (948-994), San Odilón (994-1049), San Hugón (1049-1109) la llevaron a todas partes. San Hugón llegó a unir unos dos mil monasterios en la reforma.