Como sabemos, su salida, en 1220, de la Orden de los Canónigos Regulares de San Agustín, en cuyo Monasterio de la Santa Cruz de Coimbra (Portugal), vivía, estuvo marcada por el martirio, que sufrieron en Marruecos cinco frailes menores, que tenían su residencia en el Eremitorio de San Antonio de los Olivares, a las afueras de Coimbra, donde se habían instalado en 1217, protegidos por la princesa doña Sancha, hermana del Rey don Alfonso II y su esposa la Reina doña Urraca. Fernando les había conocido personalmente cuando los frailes se acercaban al Monasterio de la Santa Cruz, para buscar alimentos, para su sostenimiento.
Objetivo: Marruecos
Desde que llegaron los cuerpos de los cinco frailes martirizados a Coimbra, donde fueron recibidos con gran devoción y admiración, Fernando no tuvo otro pensamiento que ir a predicar y convertir a los moros y, en consecuencia, morir mártir por Cristo. Fue la condición que puso a los frailes menores cuando se acercó a ellos, para ingresar en la nueva orden.
Por fin en Diciembre de 1220 sale para Marruecos, acompañado por otro fraile. Pese a su entusiasmo por alcanzar el martirio, no lo va a encontrar, ya que aunque fueron detenidos, por dedicarse a la predicación del evangelio, los dos frailes son liberados, pero una enfermedad, la malaria, le va a obligar a cambiar sus propósitos, ya que tiene que tomar la decisión de volver a embarcarse de regreso a Lisboa. Ante esta situación, vemos de nuevo como Antonio acepta la voluntad de Dios y de su propia vocación.
A las dificultades de encontrar un barco, se le iba a añadir otra sorpresa, que de nuevo iba a modificar sus planes. El destino del barco eran las costas españolas, para seguir después, por tierra, viaje a Lisboa, pero una violentísima tempestad, desatada al comenzar el viaje y el barco es zarandeado, con gran temor para su capitán, que acudió a Antonio, para que intercediera ante Dios y evitara el naufragio.
Arribada a Italia
El barco capeó, como pudo, el temporal, pero este desvió su rumbo y acabó depositándolo en las costas de Sicilia, cerca de la ciudad de Mesina, donde fue acogido en un eremitorio de los Frailes Menores situado en aquellos lugares, donde encuentra refugio y se repone de su enfermedad y de las inclemencias del tempestuoso viaje.
La necesidad de reponerse y su humildad hacen que en este lugar, su presencia pase desapercibida para la comunidad. En el convento franciscano de Mesina estaría un mes, hasta su marcha a Asís, con los demás frailes, para asistir al llamado Capítulo de las esteras, que había sido convocado; era Pentecostés de 1221.
Antonio participó, junto con unos 3000 frailes, en este Capítulo general de Asís, el más multitudinario de los llamados Capítulos de las esteras, nombre que recibió en razón de que muchos de los frailes ahí reunidos tuvieron que dormir en esteras. Allí vio y escuchó en persona a San Francisco, al que no conocía; San Francisco tampoco tuvo ocasión de fijarse en fraile portugués. Una vez concluida la reunión, Antonio solicitó a Fray Graziano, provincial de Romaña, que lo tomara consigo para que le impartiese los primeros rudimentos de la fe espiritual.
Fray Graziano lo envió a una pequeña ermita en las montañas del pueblo de Montepaolo, para que sirviera como sacerdote. En estos momentos, Antonio era un fraile más, cuyas cualidades y conocimientos no habían sido aún descubiertos por sus superiores.
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